Да, резонное замечание. Здесь проверка дублей отдается самому классу modResource, а он не учитывает эту настройку. Но если вы хотите учесть дубликаты только в рамках одного контекста, вы можете передавать его вторым параметром: $doc->isDuplicateAlias('', $doc->context_key);
Тогда проверка дублей будет только в рамках контекста документа.
Кстати, в методе modResource::duplicate именно так и делается:
$dupeContext = $this->xpdo->getOption('global_duplicate_uri_check', $options, false) ? '' : $newResource->get('context_key'); if ($newResource->isDuplicateAlias($aliasPath, $dupeContext)) { $alias = ''; if ($newResource->get('uri_override')) { $newResource->set('uri_override', false); } }